L-kysteiiniä käytetään pääasiassa lääketieteessä, kosmetiikassa, biokemiallisessa tutkimuksessa; Käytetään leipämateriaaleissa gluteenin muodostumisen edistämiseksi ja käymisen, homeen ja ikääntymisen estämiseksi. Käytetään luonnollisissa mehuissa estämään C-vitamiinin hapettumista ja estämään mehun muuttumista ruskeaksi. Tuotteella on vieroitusvaikutus, sitä voidaan käyttää akryylinitriilimyrkytykseen, aromaattiseen asidoosiin.
