Kysteamiinihydrokloridia voidaan käyttää kosmetiikan, rehun lisäaineen, haavaumia estävän lääkkeen valmistuksessa, sitä voidaan käyttää myös valmistettaessa biokemiallisia reagensseja ja raskaiden liha-ionien monimutkaisia aineita. Se voi reagoida ihmiskehon entsyymin kanssa ja stabiloida sen suorituskykyä, kun säteily on olemassa, joten sitä voidaan käyttää säteilyoireyhtymän ja tetraetyylijohdon myrkkyjen parantamiseen. Siitä voidaan valmistaa tabletteja tai injektioita.